同時設立天威軍總部，總部下設四大部門，天威軍的人事、招驀、後勤、糧餉、武器裝備更新等，全部由總部負責，這就避免了各鎮成為山頭、兵為將用的可能
在總部中，還設立了歸總部直管的總部警衛團，編制不詳、人員不詳。
另設立天威海軍，由原東江、金州衛水營、登州水師組成，海軍總兵李海龍，原東江水營管事，千總銜，因為組織船隊運兵南下，戰功卓著，被任命為海軍總兵，負責籌建海軍。
這一系列的改動，力度非常大，完全改變了天威軍的結構，使其更加集團化，便於管理，形成一支毛天威指揮如意的強大打擊力量。
天威軍是以東江兵為核心改編的，其有戰鬥力的還是從東江追隨他南下的那一批人。
其次便是攻破了各地，招募的一些流浪在內地的遼民、壯丁和良家子，這總部、四師四團，就組成了天威軍戰鬥力的核心。
至於武衛軍則是跟以前明朝的衛所兵、官差、衙役一路的貨色，欺負老百姓，打順風仗還行，如果真的真刀真槍與官軍的主力打起來，還是一觸即潰的貨色。
攻下了這麼多地方，最大的收穫就是繳獲了大量的糧食、軍餉、各種物資，這使得一直飽受物資困擾的天威軍，一下子變得富裕了起來。
毛天威將這些收穫，全面用於武裝他的軍隊，並且對武器裝備進行升級。
拿下了這麼多的地方，他們也控制了大量原屬於朝廷的軍事作坊、礦場，可以自己打造武器、打造盔甲、以前全靠朝廷和繳獲，現在自己也都可以打造了，毛天威甚至在四大總部中，設立了一個武器裝備部，專門負責武器的製造與研發。
武器裝備部將其治下的工匠、作坊全部集中起來，統一打造武器裝備。
負責主持武器裝備部的，是以前東江軍的工匠營正高偉業。
當他調任武器裝備司部長的時候，還以為只是工匠營的擴大版，但是當他聽到是直接向毛天威負責的時候，就意識到跟自己設想中完全不同。
他將負責天威軍占領區所有的工匠、採礦、武器製作等等，相當於明朝的工部尚書，有一種平步青雲的感覺。
天威軍現在集中人力打造兵器，一方面繼續打造刀、槍、劍、弓箭等武器用於裝備部隊，另一方面專門設立火器坊打造各種火器。
因為限於現在的技術和資源，天威軍以沿用各種舊的武器裝備為主，但是新的火器也在裝備之中，為了便於內部管理，他們把以前舊的武器裝備叫做冷兵器，裝備火槍的叫熱兵器。
天威軍的大方略，冷兵器部隊維持現有的規模，保持戰鬥力，但是部隊已經在開始慢慢的換裝，最終將會向武器化、火炮化轉變。
在打造火器方面，他們已經取消了明軍作坊中製作的三眼銃、鳥銃、迅雷銃等眾多火銃，轉而打造新式天威火槍。
他們弄來了荷蘭人所使用的火繩槍，先進行仿造。
火繩槍的威力更大，射程更遠，比起明軍使用的制式三眼銃和各種火銃，威力要大，當然製作成本更高。
與明軍作坊最大的不同，在於天威軍武器裝備司打造的武器沒有像明軍那般花里胡哨，而是直接按照荷蘭人制式武器火繩槍進行打造，並在短期內供應部隊，增強部隊的作戰力。
當然，他們並沒有滿足於只是仿造荷蘭人的火繩槍。
在仿造的同時，他們還進行了很多技術創新。
當然，這些創新還是在毛大帥的指點之下完成。
他們在皮島和遼東地區與建奴作戰的時候，毛文龍就敏銳地意識到明軍制式的火槍，看起來威力大，非常唬人，但實際的威力卻是有限，還不如朝鮮人和日本兵的火繩槍，他也通過各種辦法弄來了一些火繩槍，組建了火槍隊。
但是受限於朝廷的限制和供給，始終組成不了大部隊，現在自己獨掌一方，他開始將部隊進行大規模的換裝。
當然大規模的換裝，也會受制於後勤，所以他也就是命令每一個師，先設立一個全火器裝備的火槍營。
火槍營使用的將是他們購買的火繩槍和自己研發的天威火槍，同時也通過貿易的辦法，命人去澳門，從葡萄牙人和海盜那裡購買了大量的大炮。
明朝軍隊中也都廣泛部署有炮，而且種類還非常多，也都廣泛在戰爭中使用，但是真正有用的，只有紅夷大炮。
最著名的莫過於寧遠城頭上的紅衣大炮，據說當年努爾哈赤使用人海戰術，想淹沒寧遠城。
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結果被這些大炮攻擊，就連努爾哈赤都中炮受傷，只能無奈退兵，在所有的記錄之中，寧遠之戰的勝利，火炮都立有巨大的功勞，這些紅夷大炮，乃是從葡萄牙人手中購買來的。
所謂紅夷者，紅毛荷蘭與葡萄牙也。因此很多人認為紅夷大炮是進口荷蘭的，其實當時明朝將所有從西方進口的前裝滑膛加農炮都稱為紅夷大炮，明朝官員往往在這些巨炮上蓋以紅布，所以訛傳為紅衣。
但當時明朝進口的紅夷大炮只有少量是從荷蘭東印度公司進口，後來因台灣問題與荷蘭人交惡，大多數是與澳門的葡萄牙人交易得來的，明朝當時的需求量巨大，葡萄牙人還做中間商將英國的艦載加農炮賣給明朝。
但是明朝不重武備，進口的只有少量，更多的還是仿照這些仿造的大炮。
受限於材料、作坊、技術、品控等因素，出品一言難盡。
其實登州城、萊州城、濟南城等城牆之上、就有不少的佛郎機、炮鐵、炮銅，火炮種類繁多。
平時放在這裡，看起來是威風凜凜，非常能唬人，但是真正打仗的時候，能夠發揮的作用，卻是十分的有限。
往往只打一兩炮就不能再用，且後勤後勤供應極其複雜，這使得它的地位就像火槍一樣。
火槍、火炮造價高、維護麻煩、威力有限，並不受部隊的歡迎，以至於很多將領都認為，所謂的火槍、火炮，不如自己手上的弓箭、大刀、長矛實用。