帶頭的是蔚歐，想搶奪基因之楔。
擊敗幾個手下後和夏加對話再前往道館與蔚歐開火。
呆小妹打跑蔚歐後，夏加從道館裡拿出基因之楔。
沒想到暗黑三人組來個螳螂捕蟬黃雀在後，搶走了基因之楔。
呆小妹追至東邊入口前與三人組的一人發生戰鬥。
獲勝後裘倫來到，告知戰艦飛往青海波市附近。
呆小妹飛回細波鎮，穿過長長的海底隧道。
隧道另一頭就是青海波市，左手就是道館，進去挑戰館主不在。
青海波市上方找到水蔥，左邊的房子裡可以用交換。
呆小妹乘坐一葉扁舟，來到水蔥面前挑戰。
獲勝後得到波浪徽章和TM55-熱水。
呆小妹出來見到修，前往左上方的22號路，遇到聖劍士之一的代拉基翁。
阿克羅瑪出現講述聖劍士正在尋找強勁的訓練師，並送上阿克羅瑪機器。
對戰收服代拉基翁吧。
呆小妹返回青海波市，從南邊游泳過21號水路來到海邊洞穴。
洞穴下方的洞口擊敗擋路的訓練家後，可以到達細波灣。
呆小妹從洞穴右邊的出口出來，洞口擋著一塊大岩石。
使用阿克羅瑪機器後發現原來是一隻，收服後阿克羅瑪機器也壞了。
等離子隊的戰艦就停在這個海灣之中，水蔥幫忙放下樓梯後便離開了。
呆小妹與修一起上船，擊敗一名手下後進入北邊的船艙。
雙打勝利後發現前面被電罩擋著，只有先解除開關。
出船艙進入對面的艙底，呆小妹遇見一名臥底，並得知要踩四個開關才能解除電罩。
艙底一共6個房間，左上的左上綠圈會直通一個開關點，右上的房間可以休息恢復。
左邊中間的房間跟一名等離子隊員對話，會獲得萊希拉姆和捷克羅姆的圖鑑。
右邊中間發房間入口上方的綠圈直通第二個開關點。
左下房間的左上綠圈直通第三個開關點。
右下房間的右下直通最後一個開關點。
呆小妹全部踩完四個開關點後，回到北邊的船艙進入傳送點來到關押酋雷姆的房間。
呆小妹與修組隊再次和蔚歐及一手下戰鬥。
獲勝後暗黑三人組再次登場，兩人又被扔下船。
等離子戰艦飛向天空向巨人洞穴方向飛去，前往22號路的深處。
呆小妹找到洞口，與修一起進去又看到臥底，得知羅特也來了。
進入洞穴內部來到草地上，呆小妹發現羅特正在說服新等離子團投降。
可惜談不攏還要王炎出馬擺平。
對戰勝利後從冰面上滑入停在中央的等離子戰艦，這次進入南邊的船艙。
呆小妹一進去就被兩人包圍，對戰。
獲勝後再次看到臥底得到訊息必須在管道里找到密碼。
呆小妹擊敗管道內部持有和的等離子隊員後，獲得等離子卡片。
回電罩前輸入密碼。
中文拼音輸入捷克羅姆。
白2版輸入萊西拉姆後開啟電罩，呆小妹進去後與蔚歐發生戰鬥。
黑白2版等離子隊戰艦略有不同，是先解謎，再解除四個機關。
呆小妹戰勝蔚歐後先前往右邊的傳送點。
呆小妹來到一間房遇到阿克羅瑪，原來也是等離子隊的人。
呆小妹打敗阿克羅瑪後左邊的傳送點也開了，進去來到傀奇士的房間。
暗黑三人組之一出現，修終於找到扒手貓。
與三人組之一發生戰鬥後，另外兩人也出現。
兩連戰後出船尾出去進入上方的洞穴。
洞內的傀奇士已經召喚出酋雷姆準備冰封世界，合眾大危機。
空中一聲巨響，十字閃電暫時破壞了酋雷姆的技能。
神秘人N和捷克羅姆閃亮登場黑/白2版為萊西拉姆。
父子兩說了幾句話後傀奇士拿出基因之楔。
呆小妹藉助基因之楔的力量，酋雷姆吸收了捷克羅姆/萊西拉姆。
合體變成了暗黑酋雷姆/焰白酋雷姆。
呆小妹眼看事態已經不可收拾，呆小妹怎能袖手旁觀。
向合體後的暗黑酋雷姆/焰白酋雷姆發起戰鬥，只能擊敗不能收服。
呆小妹擊破暗黑酋雷姆/焰白酋雷姆後，惱羞成怒的傀奇士發起了總攻。
可憐的傀奇士再次倒在無名訓練師手上後，被暗黑三人組救走。
神秘人N推薦呆小妹前往挑戰聯盟，從巨人洞穴左邊出口向23號路出發。
呆小妹最後在大自然的上方，走到冠軍之路遇到神秘人N。
得到HM05-攀瀑，經過8個徽章大門的檢查來到大門口。
呆小妹進入最後的冠軍隧道，內部結構非常大（有山洞、森林、水面）需要多饒幾圈。*