特萊斯男爵和萊昂諾爾夫人死後，特萊斯家族已經是實力大降，根本無力控制法庭。
而卡洛斯侯爵在警告之後，也變得老老實實。
但若昂一世想要控制西班牙除了西班牙的攝政大臣之外，最大的阻力是教廷。
教廷完全凌駕於王權之上，可以任意罷黜國王。
葡萄牙第四位國王，桑喬二世就因為窮兵黷武，被裡斯本主教上書告到了羅馬教廷，教皇正式宣布廢除桑喬二世的葡萄牙國王的頭銜，由其弟弟法國的博羅尼亞伯爵阿方索繼位。
而桑喬二世的老爹，胖子阿豐索二世更是因為挪用葡萄牙教會的財產而被教皇洪諾留三世處以絕罰。
教會的權利之大可見一斑。
「什麼？你說做國王的還要聽和尚頭子的話？」朱桂大為驚奇。
「不，教皇是基督之代表，梵蒂岡城國元首及上帝之眾僕人之僕人，最高教宗。」若昂一世解釋道。
「那還不是一個念經的，難道他會請神？」朱桂不屑道。
「你，你竟然如此無禮！難道不怕上帝的懲罰嗎！」亨利瞪著雙眼。
「不怕啊，我又不信他。」朱桂兩手一攤。
亨利氣急，但偏偏一時間想不出反駁的話。
「這個，教廷已經很久沒出現神跡了。」若昂一世說道。
如今的教廷之內權利鬥爭越演越烈。神權已經顯現出衰弱之相。
但這是君權與神權爭鬥上百年的結果。
自公元392年，羅馬皇帝狄奧多西一世，宣布取締所有異教，奉基督教為國教以來，羅馬教會便一直活躍在歐洲的中心，即便西羅馬帝國行將滅亡，羅馬教廷也保持著它的生命力。
匈人軍隊在義大利北部的波河停止了攻勢，阿提拉接見了教皇利奧一世，並承諾退兵。而之後在法蘭克人的幫助下，教會權威得到了極大地加強，凌駕於王權之上，並藉此奠定了教皇國的基礎。
在克呂尼改革後，教廷的權威得到加強。亨利四世在城堡外的冰天雪地中站立三天才換來教皇的寬恕，而之後持續數百年的權利爭奪中，教權與君權也始終位於此消彼長的平衡中，並且教會的權威在十三世紀達到頂峰。
法蘭西國王腓力四世，是一位雄才大略的君主，他在位期間致力於打擊貴族，腓力四世決定向神職人員徵稅，而此舉則嚴重侵犯了教皇的利益。
教皇號召神聖羅馬帝國諸侯對香檳發動進攻，但卻被腓力四世率兵擊退，教皇不得不讓步，允許教士不必經教皇同意即可自願納稅。
之後，各國君主互相角逐，用度浩繁，紛紛不經教皇同意而擅自向神職人員徵稅。
四年後，法國朗格多克地區的一名主教被控叛逆，由國王法院判決有罪，腓力四世就要求教皇免掉他的教職。腓力的行為嚴重違反了教會法——只有教皇才能審判主教。因此這就成為了衝突的導火索，而這次衝突，將成為教皇權威衰落的轉折點。
而此時教皇已經換成了卜尼法斯八世，決意與法王決裂。他釋出敕令，不但申明那名主教只能在羅馬受審，甚至還取消了以前在財政上的讓步，並譴責腓力四世在對待教會的問題上犯下的許多罪行。
腓力四世當眾燒毀了這條命令。申明國王只服從上帝，教皇不得干涉法國的任何內政。同時禁止財富出境，並驅逐外國商人，切斷教廷財政來源。
卜尼法斯震怒，決定開除法王教籍，並警告說：\"我的前任們一共罷黜過3任法國國王。你要知道，一旦事態必要，我們會把你貶為馬伕的。\"
腓力四世更狠，他派出一隻精幹的僱傭軍悄悄潛入了羅馬城。在義大利的反教皇勢力幫助下攻入了教皇的宮殿，將卜尼法斯八世拘捕，並大加凌辱。
儘管卜尼法斯最終逃回了羅馬，但他已經權威掃地，最終在數十天後憂憤死去。
這場衝突，以卜尼法斯的身死告終，也標誌著羅馬教廷凌駕於世俗君主之上的時代已經告終。
接下來腓力四世支援他的朋友波爾多大主教為教皇，也就是克雷芒五世。
克雷芒五世將教廷遷往意法邊境的阿維尼翁。他在位期間對法王十分尊敬，不僅同意法國國王有權向教會和神職人員徵稅，還宣布解散擁有大量財產的聖殿騎士團。
之後的七十餘年，阿維尼翁教廷更換了數位教皇，但無一例外都是法國人，並且都在法王的干涉下進行。
這段時間的羅馬教宗，則被稱為「阿維尼翁之囚」。
而也正是因為羅馬城內教皇的空缺，教廷力量的衰弱，使得義大利的文藝復興開始萌芽，並隨之帶來了歐洲的甦醒。
1370年，格列高利十一世當選為教皇后，將教廷從阿維尼翁遷回羅馬。
但一年之後，格里高利就病故了。
由於擔心新任教皇又把教廷遷走，羅馬發生了暴動，暴民們在教堂外遊行示威，揚言不選出一名義大利裔教皇就決不罷休。此時還有大量樞機主教留在阿維尼翁沒到羅馬。
烏爾班六世藉此成為了教皇，也就是如今的教皇。
而阿維尼翁方面，則選舉了瑞士人克雷芒七世。於是開始了基督教會長達六十年的分裂，而教會的權威也因此喪盡。
烏爾班六世正式加冕之後，立即改組了樞機主教團，一口氣任命29名本國人，勢力已經得到鞏固。接下來，兩個教皇互相攻訐，開除對方教籍，堅稱自己是惟一合法的皇位繼承人，並以「偽教皇」互稱。
站在烏爾班背後的，是神聖羅馬帝國、英格蘭、匈牙利、波蘭、佛蘭德、義大利北部和中部各國以及斯堪的那維亞半島國家。為克雷芒撐腰的，是法蘭西和它的盟國盧森堡、蘇格蘭、阿拉貢、納瓦爾、洛林和薩瓦。
在七年前，葡萄牙改變策略，轉而支援烏爾班六世。
此時，教會的權威日益衰落，敵對教皇只有靠有關國家的支援，才能與對立派抗爭，各國天主教會實際上已經由各國君主控制操縱。
三年前，那不勒斯女王喬萬娜一世支援克雷芒七世時，烏爾班六世宣布革除那不勒斯女王的教籍，1385停止那不勒斯的聖事。
那不勒斯王國的軍隊和教會的軍隊在諾切拉發生衝突。烏爾班六世將阿奎那主教以及有反對他嫌疑的主教一律加以囚禁和殘殺，使教廷國陷入一片混亂之中。
歷史上，1409年，分裂雙方在比薩舉行會議，決定同時廢黜兩派教皇，另立新教皇亞歷山大五世。
但是他們的如意算盤落空了，兩派教皇在一些國王的支援下拒絕退位，天主教會竟出現三位教皇並立的奇事。
這種尷尬的局面竟然持續了八年。