上午九點。
日本第三新東京市地下，NERV總部。
EVA初號機機庫的監控室內，碇源堂站在玻璃前，看著機庫內紫綠相間的巨大機體，墨鏡下的眼睛布滿血絲，滿臉都是疲憊。
他已經一天一夜沒有休息了，得知今天要復活碇唯的消息後，他滿腦子就都只剩下這一件事。
「我們之前嘗試營救她的手段全部都失敗了。」
「這次，真的能夠成功嗎？」赤木律子來到監控室，站在碇源堂身後，同樣看向初號機說道。
碇源堂沒有回答她。
目光始終落在初號機上。
「看來，只能祈禱奇蹟出現了。」赤木律子見他不回話，自言自語的說。
很快。
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機庫側門打開，葛城美里與真嗣一同出現在這裡。
「來的太慢了。」碇源堂將目光從初號機身上挪開，看向真嗣，聲音沙啞的說。
聽到這聲音，真嗣抬起頭。
「父親你也...期待著見到母親嗎？」真嗣看到了碇源堂眼中的血絲。
在來的路上，真嗣就在期待與母親相見的場景了。
「是啊。」碇源堂難得的願意和真嗣搭話，「我做的一切，都是為了唯，為了你的母親。」
「不要再磨蹭了，快點開始吧。」
「我希望你能信守承諾。」這話是對夏樹說的。
話音落下。
真嗣的眼睛上浮現金光。
「放心吧。」夏樹說著，抬起右手腕，準備讓希卡利遠程操作。
但是他剛剛向手鐲的水晶中注入能量。
就聽見了一陣細微的聲音。
「真嗣...真嗣......」這是一道聽起來就會讓人覺得溫柔的聲音。
「這聲音是？」夏樹敏銳的捕捉到了這道聲音，似乎是從初號機內部發出的。
奇怪了，上次駕駛初號機的時候都沒有聽到這種聲音。
這是初號機在說話？
還是...被困在初號機內的碇唯在說話？
看樣子是想要向自己傳達什麼信息。
「把初號機的插入栓打開，我要進入那裡面。」夏樹抬起頭，沖監控室內的碇源堂說道。
碇源堂點頭。
這會別說是要進入初號機，只要能讓他再見到碇唯，要了他半條命都行。
「準備一下吧。」他扭頭沖赤木律子說道。
赤木律子點頭，安排人員將初號機的插入栓彈出，讓真嗣坐進去。
......
與此同時。
虛無的空間內。
幽天使從這個維度觀察著沉睡在地球內的使徒。
「僅憑力量是絕對不夠的。」
「想要阻擋那傢伙，恐怕只有利用夜天使的狄拉克之海才行，將那傢伙困在虛數空間內，只要困住三分鐘，就可以了。」
「還有其他的使徒，也要趁著這個時機從碇源堂手中搶奪亞當的胚胎。」
「哪怕它們會打起來，只要有一個成功，就是我的勝利。」
......
另一邊。
美國NERV支部基地下方。
佐奧·傑弗遜站在裝著營養液的透明容器前，看著裡面的白髮少年。
「是率先使用你呢...還是......向系統尋求幫助呢？」
「不論怎麼說，奧特曼都是不應該存在的。」
他站在容器前，背著雙手，不斷思索著。
......
EVA初號機內部。
「真嗣...真嗣......」
溫柔的聲音越來越清晰。
毫無疑問，這就是初號機發出的聲音。
以心靈感應的形式，傳到了真嗣的腦海里。
「你是...誰？」夏樹同樣以心靈感應回應。
這句話說出去後。
初號機駕駛艙內的場景瞬間變換，他們來到了一片純白的精神空間之中。
「已經...長大了呢，真嗣。」一位穿著白色研究服，留著栗色短髮，面容格外美麗的女人出現在夏樹面前。
她不是在和夏樹說話，而是在和夏樹身後的真嗣說話。
「你是...母親！？」真嗣看向面前的女人，母親的面孔他已經記不清了，但是這股強烈想要與對方擁抱的感覺，錯不了的...她就是自己的母親。
「母親！」真嗣直接邁開腳步，朝著碇唯跑去。
想要與其擁抱，但是卻直接穿過了她的身體，仿佛那只是一個幻影。
「......為什麼？」真嗣愣愣的回過頭，看著碇唯的虛影，心情一下子從喜悅跌落。
碇唯轉過身，用溫柔的目光看著他。
「現在還不行哦，真嗣。」
「我不能從初號機中出來。」
真嗣完全不能理解這樣的話。
急忙說：「可以的！」
「夏樹先生願意幫助我們！」
「他是非常熱心善良的人，而且還有神奇的力量，這段時間夏樹先生幫助了我非常多，而且也答應了會復活母親！」
這一刻，真嗣就是一位想要見到母親的孩子。
「是嗎。」
「真嗣他...承蒙您照顧了。」聽著真嗣的話，碇唯轉頭看向夏樹，彎腰致謝道。
真嗣兩次駕駛初號機時的場景，她都見到了。
只不過，僅限於真嗣坐在駕駛艙里的場景。
之後，她向兩人解釋了自己為什麼要繼續留在初號機內。
「SEELE的計劃，是想要讓所有人失去形體，成為一個完整的個體，而這樣...也會讓人們失去『自我』。」
「我不贊成這樣的計劃，但是僅憑我一個人的力量，是無法反抗SEELE的。」
「所以我在初號機的實驗中，選擇了將自己的靈魂留在這裡，賦予初號機靈魂。」
「只有這樣，真嗣你才能駕駛初號機，最後，也將獲得決定這個世界走向的權利。」
初號機當年的實驗，根本就不是意外。
是碇唯有意為之。
她想要以身入局，阻止SEELE的計劃，並且將最後的選擇權留給自己的兒子。
如果一切沒有發生意外，最後真嗣會在一次次崩潰中成長，SEELE在失去重要的棋子後會將真嗣和初號機當做成神的鑰匙，讓真嗣完成最終的補完儀式。
而碇源堂的計劃，也是註定會失敗的。
這是一個真真正正在幕後推導著一切的女人，她不認同SEELE的計劃，她想要的，是利用EVA的技術，讓人類實現真正的永生，在宇宙永遠留下存在過的證明。
按照她原本的計劃，真嗣最後會面臨兩個抉擇，實現SEELE的願望完成人類補完計劃，讓人類成為一體，或是拒絕SEELE，拒絕補完，讓世界恢復原樣，而初號機作為永恆的存在，在宇宙中永遠流浪。
聽完這些話。
真嗣懵了。
這都什麼跟什麼？
一個個的，怎麼都弄出一大堆複雜的計劃？
如果是以前的真嗣，在聽碇唯說完這些話後，必定會陷入迷茫，不知道自己該如何做出選擇。
但現在。
碇真嗣只是來到碇唯面前，語氣堅定的說：「母親的計劃，與我無關！」
「我的選擇，就是讓母親復活，作為母親，陪伴在我身邊！」
「而SEELE的計劃，我和夏樹先生一定會將它們粉碎的！」