「我們明白了。」七田一郎說。
宋明遠繼續說：「挑一個鬧得最凶的，狠狠整治。讓所有城市都看看，不配合新政府是什麼下場。」
七田一郎和谷口元治郎回到新政府臨時辦公地點後，立即與議會核心成員召開了緊急會議。參加會議的還有從改造人員中脫穎而出的幾個骨幹：前外務省課長田村良三，前內務省官員松岡義雄，前關西駐軍軍官岡本武志，前京都大學法學教授長谷川榮。
七田一郎把宋明遠的意思傳達了一遍。
谷口元治郎說：「京都、神戶、奈良這幾家都磨磨蹭蹭的，尤其是京都，市府里有些舊官僚還在擺架子。我看就從京都開始。」
田村良三說：「京都的市長和市議會議長都是舊政府派系的人。他們與軍部有千絲萬縷的聯繫。既然要殺雞儆猴，京都這隻雞最肥。」
松岡義雄說：「京都市政府里還有一個警備隊長，叫西村次郎，是個頑固分子。以前在憲兵隊幹過，雙手沾了血。如果能拿下這個人，京都的其他人都得低頭。」
長谷川榮說：「京都的市民大部分是支持投降的。問題在市府內部。如果新政府採取強制手段，應該不會引起市民反彈。」
七田一郎聽完，說：「那就從京都開始。但要注意方式方法，宋司令說過，新政府要建立權威，但也不能失去民心。我們既要殺人，也要讓人知道為什麼殺。」
谷口元治郎說：「我來聯繫第18集團軍，請他們配合。京都在他們的轄區里。」
兩人商議後，決定兵分兩路。七田一郎去京都與市長等主要官員談判，提出新政府的要求。谷口元治郎則協調遠征軍，準備在新政府談判破裂後採取行動。
六月二十七日，七田一郎來到京都。
京都戰時顯得格外蕭條。街道上行人稀少，店家大多關了門。京都市府大樓外，一些市民聚集著，等待消息。他們看到七田一郎的車隊駛來，有人認出了新政府的標誌，低聲議論起來。
市長岡崎廣正在辦公室里等著。他五十六歲，頭髮花白，穿著黑色的舊式西裝。市議會議長岸田宗太郎、警備隊長西村次郎等人在座。
七田一郎開門見山：「岡崎市長，新政府已經成立，京都必須接受新政府的安排。我這次來，是通知你們——你們正式投降後，需要完成兩件事。第一，徹底肅清市內的軍國主義餘孽。第二，組織一定數量的勞役，接受新政府安排。所有費用由京都市府承擔。」
岡崎廣正說：「我們願意接受新政府的管理，但肅清軍國主義餘孽這件事，涉及到許多人。如果把所有與舊政府有關係的人都抓起來，京都市府的工作就沒法開展了。」
七田一郎說：「那就先抓罪大惡極的。手上的血債不能就這麼算了。西村次郎，你在憲兵隊的時候，抓了多少反戰人士，心裡有數吧？」
西村次郎臉色一變，站了起來：「七田先生，你也是舊軍人出身，這樣逼迫我們，不覺得羞恥嗎？」
七田一郎看著他，語氣平靜：「舊軍隊把日本害成了什麼樣子，你我都清楚。現在新政府要肅清軍國主義餘孽，你跳出來反對，那就是自認是餘孽了。」
西村次郎還要說什麼，被岡崎廣正攔住了。岡崎說：「七田先生，肅清軍國主義分子，總要有名單、有標準。總不能憑空抓人吧？」
七田一郎說：「標準有。在中國戰場上、太平洋戰場上犯下殺戮罪行的人，必須抓。參與舊政府軍國主義決策的人，必須抓。對新政府公開表示敵意的人，必須抓。西村次郎在憲兵隊期間，有多起致人死亡的記錄，他不符合繼續留在市府的條件。」
西村次郎臉色發白。
談判不歡而散。
七田一郎離開後，岡崎廣正召集市府主要官員開會。有人主張順從新政府的要求，交出西村次郎。有人主張拖延時間，等看看風頭。西村次郎自己則強烈反對，表示寧可辭職也不接受新政府的清算。
「新政府不過是宋明遠扶植的傀儡！」西村次郎在會議上大聲說，「我們為什麼要聽一個傀儡政府的命令？京都是天皇千年古都，不能在軍人手裡斷送。」
他這些話傳到了新政府耳中。
谷口元治郎聽說後，冷笑一聲：「好一個千年古都。千年古都也要吃飯，也要活命。他既然跳出來了，那就從他開始。」
六月二十八日清晨，京都市府還在開會討論對策，一支遠征軍分隊已經包圍了市府大樓。與此同時，新政府的工作組帶著警察進入市內，按照事先擬定的名單開始抓人。
西村次郎在市長辦公室里被帶走。
「你們不能抓我！」他掙扎著喊，「我是京都市府警備隊長！你們沒有法律授權！」
「舊的授權都失效了。」帶走他的軍官說，「現在是新政府。」
西村次郎被押到市府大樓前的廣場上。十幾個與他一同被捕的軍國主義分子排成一排。遠處，京都市府的官員們站在大樓台階上，臉色各異。再遠處，一些市民漸漸聚攏過來。
谷口元治郎站在廣場上，對圍觀的人群大聲說：「這些人，是舊政府軍國主義體制的走狗！他們在中國、在朝鮮、在太平洋，犯下了無數罪行！現在日本戰敗了，他們要接受清算！新政府不會放過任何一個手上沾血的軍國主義者！」
人群中有人鼓掌，有人沉默，也有人低聲哭泣。一個老人顫巍巍地說：「早該這樣了……我兒子就是被憲兵隊抓走的，再也沒有回來……」
西村次郎被帶到廣場中央，臉色慘白。他還在做最後的掙扎，喊叫著要求見市長、見新政府的更高層。但沒有人理會他。
隨著一聲槍響，西村次郎倒在血泊中。
接著是第二個、第三個……