徵兵工作並沒有因為張勇的完美表現而停止。雖然每日都有幾千上萬人來測試，但奈何要求嚴格，能通過考核的不過十之二三。
有幾天通過率更是不到一成，在場的官員便將這一現象上報，最終到了朱由檢手中。朱由檢看著奏報，眉頭微皺，沉吟片刻後提筆批下：「精兵貴精不貴多，寧缺毋濫，朕的親軍必須是百戰精銳，一人可當十人用，繼續按此標準選拔，不得降低要求。也必須對得起這麼高的待遇。」
另一項工作也在同期進行，就是先前說的政審，由錦衣衛和東廠聯合負責，對每一名通過考核的士兵進行背景核查，確保其家世清白皆為忠厚老實之人。
錦衣衛和東廠根據籍貫，寄出了一封又一封的信件至籍貫所在地縣衙，由當地的官員、族老、里正共同調查，但是因為人員太多，調查進度緩慢，且各地回函質量參差不齊。朱由檢得知後，下令加派人手，並設立專門的信使驛站，更有甚者錦衣衛直接派遣緹騎前往各地，與當地官府協同核查，務必在一月內完成所有通過考核士兵的政審。
政審之嚴格，甚至追溯三代，但凡有作奸犯科之嫌者，一概剔除。這一番篩查下來，又刷掉了近一成的人。
最終能留下的，皆是身家清白、武藝紮實、心志堅定的精壯漢子。
在這期間，朱由檢也沒有閒著。
從登基那一刻便沒有閒著，均是按照自己計劃一步一來，先是整頓內廷，清除閹黨，穩固朝綱；繼而整編騰驤四衛，打造一支真正屬於自己的鋼鐵長城。這支軍隊，將是他手中最鋒利的刀，也是大明最後的盾。
而這支軍隊，也是為明年後金第一次入關做的準備，歷史上正式因為中央沒有一支強有力的軍隊威懾，祖大壽才敢私自返回關外，也是他今後推行新政，整編京營、革除衛所的基石。因此，朱由檢對這支親軍的建設格外上心，還親自編寫了訓練大綱，並召集曹文詔、曹變蛟、周遇吉、黃得功、李輔明等將領反覆推敲討論。
最終定下了一套結合火器、陣法和近戰格鬥的綜合訓練方案。
每日清晨，全軍先以五里負重跑熱身，隨後進行站軍姿、隊列操練，要求步調一致、令行禁止。
午前為火器訓練，從裝填、瞄準到擊發，反覆練習，務求熟練。
午後則是刀盾格鬥與長槍刺殺練習，由幾名將領親自示範，傳授搏殺技巧。
不過這些都是基礎的訓練，待得士兵們熟悉基礎的功夫後，再進行戰陣演練，火器三段擊、刀盾手掩護、長槍兵拒敵，層層配合，形成攻防一體的戰鬥體系。
朱由檢根據後世的記憶，編寫了《步兵操典》與《火器訓練手冊》、《大明軍紀》。
將隊列紀律、射擊要領、陣型變換等內容以簡明文字記錄，並配以插圖，要求軍官每日組織學習。
他還特別強調紀律的重要性，嚴令軍中不得飲酒、不得賭博、不得擾民，違者重罰，甚至斬首示眾。他深知，一支沒有紀律的軍隊，即便裝備再精良，也不過是一群烏合之眾。唯有鐵的紀律，才能鑄就真正的鐵軍。
......
一個月後，親軍正式組建完畢，共計兩萬五千人。
東安門外的校場上，兩萬五千名將士列陣整齊，穿著新分發的鴛鴦襖火紅的一片，在晨光中如同一片燃燒的烈焰。朱由檢登臨點將台，望著眼前這支新成立的軍隊。
心中豪氣頓生。他深吸一口氣，朗聲道：「諸位將士，很榮幸從今日起，你們便是朕的親軍，拿著全大明最好的軍餉，穿著最精良的甲冑，享受最嚴格的訓練。朕要你們記住，你們不是普通的兵卒，你們是朕的刀，朕的盾，是大明的脊樑！」
他頓了頓，目光掃過每一張年輕而堅毅的面孔：「朕對你們只有一個要求——令行禁止，戰無不勝。從今往後，你們的血，要為大明而流；你們的命，要為朕而戰！朕在此立誓，只要朕在位一日，便不會虧待任何一個為國盡忠的將士。」說罷，他拔劍指天，大明威武！萬歲萬歲萬萬歲！」
兩萬五千名將士齊聲高呼，聲震雲霄，驚起校場外的飛鳥盤旋不去。
朱由檢滿意地點了點頭，在場諸位將聽得也是熱淚盈眶。他們從未見過一位皇帝如此親臨士卒、如此慷慨激昂。
從這一刻起，這支軍隊有了靈魂，有了信仰。朱由檢知道，真正的強軍，不能光靠金錢堆出來的，還要靠信念與紀律鑄就。
朱由檢大聲道：「從今日起，大明親軍第一鎮、第二鎮便成立了。諸將聽封，第一鎮總兵官由曹化淳擔任，第二鎮總兵官由曹文詔擔任，曹變蛟統領騎兵標擔任參將一職，黃龍（東江鎮毛文龍部）為炮兵標統領擔任參將一職；周遇吉、黃得功、李輔明、孫應元為協統擔任副將一職。其餘將佐，按功授職，各歸其位。朕望爾等同心協力，練出一支虎狼之師，護我大明江山永固！」末將等必不負聖恩，誓死效忠陛下！」眾將單膝跪地，甲冑鏗鏘作響，聲如洪鐘。朱由檢抬手示意眾將起身。
朱由檢微微頷首：「朕還要設立軍法司，專司軍中紀律，由御馬監提督太監方正化擔任。方正化出列跪拜：「臣領旨！」
朱由檢繼續道：「軍法司獨立於各鎮之外，有權巡視、糾察、彈劾任何違反軍紀的將領與士卒，上至總兵，下至伙夫，一視同仁。朕要的是令行禁止的鐵軍，不是人情世故的私兵。若有違令者，軍法從事，絕不姑息！」駱養性叩首道：「臣必當秉公執法，不負聖恩。」
「這不又是監軍嗎？」眾將面面相覷，心中雖有疑慮，卻無人敢出聲質疑。朱由檢目光如炬，沉聲道：「朕知道你們在想什麼，軍法司不得干涉軍隊指揮與作戰，只負責紀律與軍法，監督軍餉、軍械、糧草等後勤事務的公正分配。監督朝廷軍令執行。」
眾將聽後這才稍稍鬆了口氣。
接下來便是授予軍旗與印信。朱由檢親手將一面面繡著「大明親軍第一鎮、第二鎮」字樣的赤紅旗幟交到各鎮總兵手中：「旗在，人在；旗倒，人亡。你們要像守護自己生命一樣守護這面旗幟。」曹化淳、曹文詔雙手接過軍旗，眼中含淚，聲音哽咽：「臣等必以性命守護此旗，以血捍衛大明軍威！」