就在這幾年，新寧周邊的局勢發展出乎所有人的意料。
自咸豐七年（公元1857年）五月初南寧被陷後，左江鎮、道、府各級官員專注於克復南寧事宜。
吳凌雲趁兵練撤出之際，率部回據隴羅，其盟友葛二據隴名，盧裕綸據九岸（又作「狗岸」，時屬左州，今屬江州區瀨湍鎮），黃晚、黃翠東據馱丁（今渠黎鎮馱汀村），熊文聘據布窯。
八月十五日，吳德徵用計克復南寧。
十月初四日，在「清平團」的協助下，「砥柱團」、「康良團」對實力最弱的布窯、馱丁二村實施圍攻。雙方相持中，熊文聘外出求援被擒殺，黃翠東中炮傷重身亡。
咸豐八年（公元1858年）二月初七日，布窯被團練攻破，黃晚放棄馱丁，投附隴民葛二。
四月，黃晚引葛二武裝渡過左江，襲陷江漲村（時屬隆化四都，今屬馱盧鎮），報復並殺死了「康良團」何振珊等三名團總。在聞訊趕來的「砥柱團」、「康良團」的攻擊下，葛二冒雨退回隴民。
咸豐九年（公元1859年）五月中，因與對河韋姓人聚居的拱馱村（時屬隆化四都，今屬馱盧鎮）人有矛盾，馱盧武裝頭目溫阿富招引吳凌雲、林發志進據馱盧墟，黃萬年武裝分踞灶瓦村（時屬崇善縣，今屬馱盧鎮）。不久，吳、黃兩人分別打著「統領陸路前隊兵馬鎮北大將軍」、「統領陸路右哨兵馬平南大元帥」旗號，聲稱要教訓拱馱村。從事後繳獲的旗號來看，此時的吳、黃二人的江湖地位基本一致。
八月二十二日，秋收時節，吳、黃武裝乘夜襲入拱馱村，韋姓村民奮力抵抗，竟將來犯者驅逐出村。此後，拱馱、新村村民籌糧招募「清平團」練勇六百名，與前來搶割兩村稻穀的吳、黃武裝對壘。
九月初七日，吳、黃武裝與「清平團」、「砥柱團」、「康良團」的交戰中依然沒能取勝，再次退回隴羅、隴名，養精蓄銳，並嘗試用其他方式謀求壯大自身。
咸豐十年（越嗣德十三年，公元1860年）正月間，越廷甚至稱「李大益、寧國金（疑指凌光澈，欽州峒利墟人，劉二作凌國金，音近之故）、吳凌雲擾過北寧陸岸縣轄，領知縣陳紹率眾拒戰，死之。」雖然不能確定吳凌雲是否真的至此，但打著吳凌雲名號行事並非空穴來風。
這裡有些事情值得說說，咸豐九年夏，一向弱不經風的清軍，面對英法炮艦的挑釁，勇敢回擊，取得了第二次大沽口戰役的勝利。但這僅有的勝利卻不能改變整個戰爭失敗的結局。
「天王」洪秀全的「太平天國」歷經「天京之亂」後，元氣大傷，與清軍交戰，雖互有勝負，但逆轉之勢已無可避免。
令人疑惑的是，洪秀全迷戀於天京的奢侈，捨不得放棄，變主動為被動，成為眾矢之的。
在清軍日益緊逼中，「太平軍」因保衛天京而疲於奔命，不僅錯過了向其它地方發展的機會，也將「太平軍」的戰鬥能量在一點點地消耗。暫且不表。
再說吳凌雲，經過近一年的休養生息，元氣漸復，通過與黃萬年、盧裕綸、黃晚、葛二等武裝的聯合，實力日漸強大。吳凌雲之名號，桂西各州縣，幾乎是盡人皆知。
為了自身的安全，各村屯百姓別無選擇，只能拜台入伙，編戶繳納月規，以求平安。
平心而論，桂西地廣人稀，山多林密、交通通信極為不便。吳凌雲統轄各地武裝是不可能的，更不可能指揮各地武裝行動。
以莫六攻陷新寧州城為例：新寧貢生莫先巽，家境殷實，其子莫四、莫五、莫六在當地有很強的活動能力。因莫五與堂叔莫其鍵在管理本州戶房時產生矛盾，勢同水火。恰好有一股賊匪滋擾新寧州東北，知州程佐派莫五與家丁劉某（與賊目劉某相識而做中間人）前往賊巢談招撫之事。莫其鍵串通生員李懷玉（同治五年因民憤極大而被知州正法），捏造莫五通賊書，並不經由官命，擅自將莫五、劉某斬殺並梟首示眾。莫四、莫六逃往右江一帶。不久，兩人就聚集了一隊人馬，準備回新寧州報仇，因探知州城已有防備而暫時作罷，轉投時在隴羅的吳凌雲。
咸豐十年（公元1860年）七月十七日，得知新寧州城防空虛，報仇心切的莫六擅自率領幾百人，乘夜疾行百里，直抵州城。他們從西北隅爬牆入城，殺了幾位把守城門的壯勇，擁眾進城。
由於聲言只殺仇人，州人倒也知趣，無人阻攔。莫其鍵聞知逃之夭夭，莫六遍尋不獲，遂遷怒於他人。他將莫其鍵家人及女婿廩生黃敦本、附生文周二家男女老幼盡數殺光，隨後在州城內四處搜尋各家財物。
三日後，為了避免被聞訊而來的團練包圍，莫六急急離開州城，同時擄走男女百餘人（擄人家男、女的幹什麼用？），包括代理知州鄭元振，一併帶回隴羅。
可憐書呆子似的鄭元振，目睹無辜百姓遭殃，自己也無端被此事牽連，進了「賊窩」，功名掃地，氣的一病不起，沒幾天就死去。
縱觀這次新寧州被陷，前因後果十分明顯，全是莫六個人復仇行為，與吳凌雲關係不大，卻也掛在他的名下，更不用說寧明、龍州等偏遠地方。地方官員之所以將各地武裝活動一概歸咎於吳凌雲，其意不言而喻：塑造一個強大的敵人，便於為自己治理無方推卸責任。
此時吳凌雲也明白，在新寧州與團練（主要是「砥柱團」、「康良團」）進行的數次交鋒中，雖然雙方彼此鬥狠鬥勇，己方並沒有占到便宜，甚至還略處下風。要戰勝對手，自己必須強壯，這就需要更多的糧餉以便招兵買馬。那麼，錢從何而來？他籌劃一個更具野心的戰略行動：入據太平府城！
很快地，在新寧州、左州、江州、忠州、羅白等地的各路武裝人員，似乎有意無意地向太平府城方向運動。