戰役結束後的清理和統計工作，持續了整整三天。
結果觸目驚心。
木葉方面，參戰忍者傷亡超過六成。大量經驗豐富的中堅上忍、特別上忍陣亡或重傷致殘。更令人心痛的是，陣亡名單中，有超過三分之一是年齡在十二到十六歲之間的少年忍者。他們在戰爭中被迫提前畢業，投入戰場，許多人甚至連像樣的忍術都沒掌握幾個，便永遠倒在了桔梗山的焦土上。木葉的「人才斷層」隱患，在這場慘勝之後，暴露無遺。
砂隱的損失更加慘重。超過一千名忍者永遠留在了桔梗山，其中不乏擁有血跡界限或精通傀儡術的精銳。經此一役，砂隱村元氣大傷，不僅徹底失去了與木葉一戰實力，其國力也一落千丈，從五大國中的有力競爭者，直接跌落至末流。
四代風影羅砂雖然活著回到了砂隱村，但其威望遭受重創，國內反對聲音四起，砂隱陷入了長時間的內憂外患之中。
木葉慘勝，砂隱慘敗。雙方都沒有真正意義上的贏家。
一個月後，在木葉的強勢壓力下，元氣大傷的砂隱被迫坐在了談判桌前，簽訂了極為不平等的《桔梗山條約》。條約規定，砂隱需割讓部分與火之國接壤的邊境礦區，賠償巨額的戰爭賠款，限制軍備，並開放部分通商口岸。砂隱，從此淪為了需要看火之國和木葉臉色行事的「弱國」。
木葉雖然獲得了戰略上的勝利和實際利益，但村內卻瀰漫著一股沉重而悲傷的氣氛。陣亡忍者的追悼會持續了多日，慰靈碑前擺滿了白色的花朵。許多家庭失去了兒子、丈夫、父親。戰爭的創傷，深深刻在了每一個木葉人的心裡。
大蛇丸在宮翊辰和綱手的全力救治下，保住了性命，但傷勢極重，需要休養。然而，這場生死邊緣的經歷，非但沒有讓他消沉，反而如同催化劑，徹底激發了他內心深處對「生命」、「死亡」、「存在意義」的扭曲探索。
躺在病床上的那些日夜，大蛇丸反覆回憶著中毒瀕死時的那種無力、脆弱、以及對生命流逝的恐懼。
「生命……如此脆弱，又如此頑強。死亡……是終結，還是另一種開始？」大蛇丸金色的豎瞳在黑暗中閃爍著狂熱而冰冷的光，「平庸的肉體，脆弱的靈魂，在時間的磨損和意外的侵襲下，毫無價值地消逝……不，不該是這樣。生命的意義，在於超越！在於永恆！」
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他看著自己依舊虛弱、但正在緩慢恢復的身體，一個瘋狂而禁忌的念頭，如同毒藤般在他心中瘋長——他要研究生命！研究靈魂！研究如何打破壽命的界限，獲得永恆的生命和不朽的力量！而這場戰爭遺留下來的、堆積如山的屍體，那些被俘虜的砂隱忍者……不就是最好的「實驗材料」嗎？
一系列隱秘而邪惡的人體實驗構想，開始在他心中悄然滋生。他需要力量，需要知識，需要……一個足夠隱蔽的基地和源源不斷的「材料」。桔梗山前線，這個充滿了死亡和遺忘氣息的戰場廢墟，似乎就是一個不錯的選擇……
當然，這一切都還只是深藏於他心底的黑暗念頭。表面上，他是力挽狂瀾、重傷仍堅持指揮、最終帶領木葉取得「輝煌勝利」的英雄。他的威望，在木葉軍中達到了頂峰，甚至隱隱有超越自來也、綱手，成為下一代火影最熱門人選的趨勢。沒有人知道，這位英雄的內心，已經滑向了何等危險的深淵。
……
桔梗山戰役結束後半個月，木葉的撤離和清理工作基本完成。大部分部隊開始陸續返回村子，只留下少量部隊駐防邊境，並處理後續事宜。
春風依舊帶著寒意，吹過焦黑的土地和零星散落的、未來得及清理的忍具殘骸。一些低矮的、頑強的野草，已經從血污浸透的泥土中鑽出，綻放出星星點點的綠意和不知名的小花，仿佛在無聲地祭奠，又仿佛在倔強地宣告著生命的延續。
宮翊辰默默行走在廢墟間，冰心訣讓他能更清晰地感受到這片土地下沉澱的死亡、痛苦、以及那微弱卻頑強的生機。他想起了旗木朔茂，想起了那些死去的、熟悉或陌生的面孔，也想起了自己這幾個月來的經歷。
鐵之國的雪，木葉的春，桔梗山的血與火……這一切，都讓他飛速成長，也讓他更加清晰地認識到這個世界的殘酷，以及自身力量的不足。
「沙沙……」
一陣極其微弱的、不同於風聲的窸窣聲，從一堆坍塌的、似乎是砂隱某個臨時指揮所廢墟的亂石下傳來。
宮翊辰腳步一頓，凝神感知。沒有查克拉波動，沒有敵意，只有一種……微弱的、近乎消失的生命氣息，以及一種茫然的恐懼？
他走過去，小心地搬開幾塊碎石。下面，壓著一個瘦小的身影。
那是個看起來只有四五歲的男孩，穿著破爛不堪、沾滿泥污的粗布衣服，小臉髒得看不清容貌，只有一雙銀灰色的眼睛，此刻正茫然地、帶著深深的恐懼和無助，看著他。男孩懷裡緊緊抱著一個破舊的、沾著血跡的布偶，布偶的樣式……似乎是砂隱的風格。
「救……救……」男孩發出微弱如蚊蚋的聲音，眼神渙散，顯然處於嚴重的驚嚇狀態。
這是一個在戰爭中倖存下來的孤兒。看衣著和那個布偶，很可能是砂隱的後勤人員或附近村民的孩子，在戰亂中與家人失散，僥倖活了下來，卻因巨大的刺激失去了記憶。
宮翊辰沉默地看著這個孩子。戰爭製造了無數這樣的悲劇。木葉有，砂隱也有。這個孩子，又該何去何從？丟在這裡，只有死路一條。
他想起木葉的孤兒院，想起那位心地善良的院長藥師野乃宇。或許……
宮翊辰輕輕抱起男孩，男孩沒有反抗，只是本能地往他懷裡縮了縮，銀灰色的眼睛呆呆地看著他。
「別怕，我帶你離開這裡。」宮翊辰低聲說，抱著男孩，轉身離開了這片浸滿鮮血的廢墟。
他沒有給這個孩子起名，只是將他帶回了木葉的臨時營地，交給了負責善後的醫療班，並特別叮囑，如果可能，將他送回木葉，交由孤兒院安置。
後來，宮翊辰才知道，這個被他從桔梗山廢墟中撿回來的失憶男孩，被木葉孤兒院接收，院長藥師野乃宇給他起名叫「兜」，因為發現他時，他懷裡緊緊「兜」著那個破舊的布偶，隨了院長姓「藥師」。
藥師兜。
這個名字，此刻還沒有任何特別的含義。他只是一個在戰爭廢墟中僥倖存活、失去記憶、被木葉收容的普通孤兒。沒有人知道，這個孩子未來會走上怎樣的道路，又會與宮翊辰，與木葉，產生何等深刻的糾葛。
就在桔梗山的硝煙漸漸散去之時，忍界的局勢，卻因這場戰役的結果，再次發生了劇烈的變化。
慘敗的砂隱，不僅失去了與眾國爭霸的資格，其虛弱的本質也徹底暴露在了其他大國面前。
一直對富饒的火之國和虛弱獵物虎視眈眈的雷之國雲隱村，在四代雷影艾得知砂隱慘敗、損失慘重、且與木葉兩敗俱傷的消息後，狂喜之餘，立刻看到了千載難逢的機會。
「砂隱那群廢物！被木葉打成這副德行！」四代雷影艾在雷影辦公室咆哮，眼中閃爍著野心的光芒，「現在正是我們雷之國，我們雲隱村，進一步向火之國施壓的最好時機！」
於是，就在《桔梗山條約》墨跡未乾之際，雲隱村悍然撕毀了與砂隱之前脆弱的停戰協議，以「清算舊帳」、「維護地區穩定」為藉口，集結大軍，從北方猛攻剛剛遭受重創、士氣低落的砂隱邊境！
剛剛經歷一場噩夢的砂隱，還未從桔梗山的慘痛中喘過氣來，便又不得不倉促迎戰來自北方的、更加兇猛狂暴的雷之國之狼！風之國邊境，再次燃起戰火，且比之前更加絕望。
第三次忍界大戰的戰火，並未因桔梗山戰役的結束而熄滅，反而以一種新的、更加混亂和殘酷的方式，繼續在忍界蔓延燃燒。