鄭芝豹突然主動認罪，當場揭發並指證施福，正是鄭鴻逵暗中授意所致。
鄭森殺施福而不殺鄭芝豹，有私心但也正體現其政治智慧。
施福是外姓家臣，處決可立威；鄭芝豹是血親叔父，奪權既保全家族顏面，又向皇帝表明立場。
這種「外嚴內寬「的處理，鄭氏各方無話可說，鄭森殺施福、奪鄭芝豹兵權，不過是雷霆手段的開始。
鄭氏水師內部山頭林立，施福一死，依附於他的將領們噤若寒蟬，而鄭芝豹被革職發往南京「養老「，更讓其餘鄭氏舊部明白，這位年輕的掌舵人，既有朝廷尚方寶劍在手，又有鄭家血脈正統，誰若再敢陽奉陰違，便是自尋死路。
但鄭森深知，僅靠殺戮震懾，終究難以長久，得恩威並施方能服眾，於是，他迅速頒布幾條政令。
第一，厚賞水兵，凡鄭氏水師士卒，月餉翻倍。
同時，開放軍功晉升，無論出身，凡戰功卓著者，皆可擢升，奪敵艦者擢三級，臨陣脫逃者沉海。
又留鄭氏「火船營「，卻命工匠以火藥桶替人命，火箭代火油。
此令一出，底層水兵歡呼雷動，他們本就不關心上頭是誰掌權，只在乎誰能讓他們吃飽穿暖，有錢養家。
第二，整編戰船，鄭森將鄭氏水師原有的私兵體系徹底打散，按朝廷規制，重新編為前、後、左、右、中五軍，每軍設總兵一員，副將二員。
第三，嚴明軍紀，鄭森親自督訓，凡違令者，輕則鞭刑，重則斬首。
一些鄭氏舊部雖有不滿，但見鄭森手握神機營精銳，有鄭鴻逵一眾鄭氏元老全力支援，加上施福被殺在前，再無人敢公然反抗。
短短半月，原本散漫的水師被頓頓的煥然一新，戰船排程井然有序，再無昔日各自為政的亂象。
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鄭森能以雷霆手段整肅鄭氏水師，其權力來源有三重保障。
首先，他手持尚方寶劍，總制三省水師，代表皇權，對通敵叛國者可先斬後奏。
其次，作為鄭芝龍嫡長子，他天然擁有對鄭氏私兵的繼承權。
最後，三千神機營精銳和龍江船廠新式戰船構成了絕對武力後盾。
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鄭森對鄭氏水師一番整肅後，並未急於出兵，而是先派探子潛入東番，探查荷蘭人虛實。
他挑選數十餘名精通閩南語、善於偽裝的精銳，扮作漁民、商販，分批渡海，混入熱蘭遮城附近的漢人村落。
同時開始戰前準備，他一邊派出探子，一邊讓水師在近海進行大規模軍事演練，以增加協同能力。
鄭森仿陸師「三段擊「改制水師炮陣，令戰船分作五隊，舷炮輪射如雷；抽選火銃手為炮長，嚴訓裝填之法。
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海風狂卷，船上的龍旗被吹得獵獵作響。
三千神機營精銳列陣如林，分立戰船，烏黑的鳥銃在烈日下閃著幽光。
神機營將士對面，是剛從各營抽調來的三千名鄭氏水兵。
這些老海狼松松垮垮站著，交頭接耳，有的眼神里滿是桀驁與不屑。
甘輝率三艘新式戰船演武，二十四門紅衣炮齊鳴，百米外的靶船應聲碎裂，浪涌如雪。
然後就是火銃隊。
「第一隊！上前！」將官厲喝。
神機營第一哨百名軍士踏著鼓點上前，動作整齊劃一。
對面水兵隊伍里響起嗤笑聲：「花架子！海上顛起來站都站不穩……」
「裝彈！」令旗劈落。
咔！咔！咔！金屬摩擦聲清脆利落，火藥、鉛子、通條，神機營士兵的動作快得眼花繚亂，十息之內，百支鳥銃已昂然指向前方。
鄭氏那些水兵們的嗤笑僵在臉上，剛剛的火炮足以讓他們感到震撼，而火銃手的操作更是讓他們大開眼界。
「輪射！放！」
砰砰砰砰！震耳欲聾的轟鳴撕裂空氣，遠處百步外的木靶瞬間爆開漫天碎屑！
「第二隊！輪轉上前！」
硝煙未散，第二哨已踏步補位，退下的第一哨士兵動作不停，清理銃管，重灌彈藥，整個過程行雲流水，毫無滯澀。
三輪排槍過後，對面水兵已是鴉雀無聲，幾個老炮手死死盯著神機營士兵裝填時穩定得可怕的手。
「看到沒有！」甘輝策馬衝進水兵佇列，馬鞭指過一張張呆滯的臉，「這叫令行禁止！這叫火器戰陣！紅毛鬼的蓋倫船，舷炮齊射就是這般排山倒海！就憑你們這群烏合之眾，靠跳幫接舷去送死嗎？！」
當日下午，操練的怒吼聲便取代了海濤，成為港灣的主調。
甘輝親自示範火銃射擊，烈日下赤著上身，肩窩被銃托撞得青紫也渾不在意。
鄭森也脫去錦袍，在佇列中與士兵一同操演，汗水浸透麻衣，鹽漬勾勒出肩背繃緊的線條。
「手臂穩！心要靜！」鄭森的聲音穿透海風，他端起一支鳥銃，屏息，瞄準百步外隨風晃動的船索扣，「海上風浪顛簸，瞄頭瞄胸都是虛的！要打桅杆，打帆索，打炮窗！」砰！鉛彈呼嘯而出，碗口粗的繩索應聲而斷！
水兵們看著那截斷索在空中飄蕩，有人眼中燃起了火焰。
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數日後，一艘荷蘭探子船在澎湖外海遭遇明軍快船，雙方爆發激戰。
荷蘭人船堅炮利，但明軍探子的小船靈活，以火攻焚毀敵船，生擒了數名紅毛水手。
經審訊，鄭森得知荷蘭人已察覺明軍動向，正加緊修築熱蘭遮城防禦工事，並大肆強征島上漢民為苦力。
三月初六，甘輝帶著一名衣衫襤褸的漁民，求見鄭森。
「制軍，有個自稱郭懷一的部屬求見，說有非常重要的事稟報！「甘輝說著遞來一份油布包裹，「我從他身上搜出一份熱蘭遮城的布防圖，也不知真偽。」
「哦？」鄭森接過油布包裹開啟里的地圖，隨既瞳孔微縮，一幅詳盡的地圖顯露出來。
熱蘭遮城、赤嵌新堡、炮台位置、兵營分布……甚至標註了棱堡幾處磚石風化鬆動的薄弱點，西南角的排水暗道旁，赫然多了一座新炮台。
他的指尖划過地圖上大員社的位置，停在那片象徵溪流的藍色上，彷佛觸到了未乾的血。
鄭森可以確定這份地圖是真，連忙說道，「快把那人帶上來。」
來人皮膚黝黑，十指關節粗大如樹根，一看就是常年勞作的船工，他見到鄭森後跪地痛哭，口稱少主。
「少主救命！紅毛鬼聽說你要調派水師打他，在赤嵌城挖了新壕溝，把漢民當畜牲使喚！「
喘著粗氣道：「紅毛鬼發現官軍的探船後，連夜調整了布防，郭大哥說，願助朝廷水師......「